Crée en 1957 et intégré à l'origine au service pédologique de la SOMIVAC, le laboratoire procédait aux analyses physiques et chimiques des sols, préalable indispensable aux premiers travaux de mise en valeur agricole. En 1976, lors de la bi départementalisation, il lui a été demandé d’assurer en plus, une mission de contrôle sanitaire des eaux. Par décret, en 1984, la SOMIVAC a été scindée en deux structures distinctes, l’OEHC et l’ODARC. Le laboratoire restant intégré dans l’OEHC.
Le laboratoire depuis, continue à assurer son rôle dans le contrôle sanitaire des eaux.
La délibération 04/53 du conseil d’administration du 22/06/2006 a érigé le laboratoire en structure distincte, qui dispose d’un personnel spécifique et d’une démarche qualité assurant la confidentialité de ses travaux.
Le laboratoire est titulaire d’une accréditation COFRAC et est agréé par le Ministère de la santé, et par le Ministère de l’environnement.